改造工程主要内容为土建管道、窨井的疏通、堵漏或重建以及污水设施的更换，要求改造目标达到出水质量符合国家《污水综合排放标准》（GB8978-96）一级标准。由于改造工程涉及3个服务区、12个收费隧道所，面广线长，温州甬台温高速按照轻重缓急分3年实施，2014年完成三个服务区，2015年先完成乐清所、温州南所、浙闽主线所三个收费所，2016年完成剩余9个收费隧道所。
2016年度改造工程于7月初开工建设，自开工以来，针对时间紧、工期短的实际情况，甬台温高速工程技术部多次深入现场了解施工进展，研究对策，科学部署；合约部积极配合施工进度，加快隐蔽工程复核速度，协调解决工程设计变更、计量结算等问题，确保按时、保质保量完成任务。
截止2016年12月份，甬台温高速温州段本年度改造工程全部完工，已进入试运行阶段，经检测出水质量均达到一级排放标准，本年度工程的顺利完成也标志着甬台温高速三年改造工程圆满完工。